1990年4月18日，党中央国务院提出“开发浦东，振兴上海，服务全国，面向世界”的方针，这一重大战略决策拉开了浦东开发开放的序幕。

当时，浦东地区没有一家大型综合性医院，浦东居民看病难问题突出。1993年底，经上海市计划委员会、上海市教育卫生办公室、上海市卫生局、浦东新区管理委员会、上海市浦东新区社会发展局、上海市规划和自然资源局、上海第二医科大学等委办局和单位的主要领导共同研究、论证，一致同意将“在浦东新区建造一所三级综合性医院”的项目交由仁济医院负责。1993年12月7日，由市计委、市教卫办和区管委会联合向市政府提出申请报告。1993 年12月24日，时任上海市副市长徐匡迪、谢丽娟和赵启正批准立项，并指示由市教卫办牵头组织实施。

1994年，仁济医院东院项目正式立项，上海市计委批准仁济浦东新院的规模为500张床位，建筑面积为34500平方米，总投资为1亿元。1994年9月，经上海第二医科大学批准，仁济医院浦东分院定名为“上海第二医科大学附属仁济医院浦东分院”，简称仁济医院东院。同年，仁济医院浦东新院的筹建工作进入实质性启动阶段。1996年8月28日，在位于东方路、浦建路交界处的院址上举行仁济医院东院开工典礼，上海市副市长左焕琛出席祝贺并寄予厚望。

为解决浦东老百姓的医疗需求，同时扩大仁济医院在浦东地区的影响，1997年7月15日，医院在沿浦建路的临时用房中开设临时门诊部和涉外医疗门诊。历时5年筹备和基本建设，1999年8月，仁济东院投入试运行，32个临床科室、医技部门和400名职工，36位专家全部到位；17个病区，500张床位逐步开设。1999年10 月18 日，仁济医院建院155周年暨东院开业庆典在仁济医院东部门诊大厅隆重举行，时任上海市委副书记龚学平宣布仁济医院东院开业，时任副市长左焕琛作重要讲话，“仁济东进”拉开序幕。

21年间，仁济东院绘就百年老院新的历史画卷。年门急诊量从1999年的171247人次到2019年增长为3415600人次；开放床位数从1999年的179张到2019年增长为1572张；出院人次从1999年的1030人到2019年增长为115155人；手术例数从1999年的584例增长到2019年的87734例；国自然基金项目数从1999年的4项到2019年的115项；总建筑面积从1999年的92502.88平方米到2019年的245054.58平方米。这些数据增长的背后，体现的是全体仁济人为守护浦东乃至全市、全国人民健康、实现“健康中国”战略目标所付出的辛勤努力。

2020年11月12日，浦东开发开放30周年纪念大会隆重召开。仁济医院院长李卫平参会并认真聆听了习近平总书记的重要讲话。李院长表示，1844年建院的仁济医院于1999年落户浦东，成为浦东地区唯一一家‌‌三级甲等综合型医院，也是到目前为止‌‌浦东地区综合实力最强、学科‌‌门类最齐全的三甲医院。‌‌仁济医院拥有优质的专家资源和医疗资源，1994年开始‌‌东进浦东是造福浦东患者的重要举措。在服务患者的过程中，仁济医院也获得了长足的进步。‌‌经过二十余年的发展，‌‌医院业务量基本上实现了十几倍的增长，‌‌无论是门急诊人次、出院人次、手术人次都是十几倍的增长，远远超过全市‌‌平均水平。‌‌可以说，仁济医院是浦东开发开放30年的‌‌见证者、参与者，同时也是最大的得益者。仁济医院将始终坚持公益惠民之路，着力打造浦东地区乃至上海的、亚太地区的具有较强国际竞争力的创新型、研究型、智慧型、国际化的标杆性医院，来完成亚洲医学中心建设，服务整个浦东和上海，为维护人民健康提供有力保障，为“健康中国”战略的实现而不懈努力。